在线加速器服务器虽然优点众多，但是事物有利必有弊，其本身也有着一些缺点。
在我国，由于网络的封锁，即使通过在线加速器服务器，也会有很多关键字被过滤，同样也无法访问一些网站。一些外国网站也会禁止中国ip访问，经常会弹出“Are you from China?”等消息。相对网络比较好的用户在使用在线加速器时，网络访问速度会明显变低。不稳定的网络在线加速器也会耗费用户大量的流量。
有些在线加速器网站为了赚钱，会在用户使用加速器服务器访问后刊登广告，更有甚者还会在用户闲置一段时间后出现冻结页面的广告。使用在线加速器还会出现AJAX不正常访问、样式非正常显示等状况。

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